Urodził się 8 stycznia 1894 r. w Piotrkowie Trybunalskim. Studiował na Uniwersytecie Warszawskim. Wybuch I wojny światowej spowodował ewakuację Uniwersytetu Warszawskiego do Kijowa. Wówczas studentów zmobilizowano i wyruszyli oni na front. Seweryn Nowakowski nie otrzymał powołania do wojska, ponieważ zachorował na tyfus. Studia kontynuował na wydziale prawa Uniwersytetu Moskiewskiego.

Do Polski powrócił prawdopodobnie w 1919 r. z transportem Czerwonego Krzyża. Zamieszkał w Piotrkowie Trybunalskim. Wtedy też wstąpił do miejscowej organizacji Polskiej Partii Socjalistycznej. Został wybrany na ławnika, czyli etatowego pracownika w Zarządzie Miejskim w Piotrkowie Trybunalskim. Stanowisko to pełnił do wyborów samorządowych 30 grudnia 1928 r. Od 1927 r. pełnił stanowisko szefa wydziału finansowego i administracyjnego. Sprawował je do listopada 1930r.

Wiosną 1931 r. Premier zaproponował Nowakowskiemu stanowisko komisarza rządowego w Białymstoku lub Łodzi. Białystok nie przedstawiał się zbyt zachęcająco - chaotyczna zabudowa, brudne centrum, pełne małych sklepików i straganów, rynsztoki, ale duże tereny zielone w centrum i możliwości czynienia zmian. Ogrom prac i rysujące się perspektywy stwarzały szansę wykazania swoich kompetencji. Seweryn Nowakowski podjął to wyzwanie i 1 sierpnia 1931 r. przyjechał do Białegostoku jako komisarz rządowy. Mandat komisarza rządowego Nowakowski sprawował do 1934 r. kiedy to został Tymczasowym Prezydentem miasta Białegostoku, a po wygraniu wyborów w 1935 r. objął stanowisko na 10 lat, zgodnie z nową ordynacją wyborczą .
 
Począwszy od 1931 r. aż  do aresztowania w październiku 1939 r. Seweryn Nowakowski aktywnie pracował na rzecz miasta. Uzdrowił finanse miejskie przywracając równowagę budżetową. Rozpoczął budowę pierwszych kanalizacji i prace te kontynuował przez kolejne lata. Przez wiele lat z jego inicjatywy prowadzono prace porządkujące ulice, brukowano jezdnie i układano nowe chodniki, rozpoczęto przebudowę wiaduktu kolejowego łączącego centrum z dzielnicą Antoniuk. Zakończono budowę i łączenie szpitali miejskich znajdujących się przy ulicy Piwnej. Z pieniędzy uzyskanych przez prezydenta wybudowano dwie hale targowe, jedną na Siennym Rynku, drugą na Starym w dzielnicy Bojary. Przebudowano częściowo centrum Białegostoku. Uregulowano rzekę Białą i uporządkowano bulwary nad nią. Zbudowano i zagospodarowano miejski wodny ośrodek rekreacyjny w Dojlidach, wyposażony w sprzęt wodny, wypożyczalnie kajaków, pomosty i szatnie.

Według nowej koncepcji założono Park Miejski im. Księcia Józefa Poniatowskiego.  W 1938 roku zakończono kosztowną i trwającą wiele lat budowę Domu Ludowego im. Marszałka Józefa Piłsudskiego. Był on pięknie usytuowany w Parku Miejskim im. Ks. Józefa Poniatowskiego, a mieszczący się w nim teatr miał europejski standard.

Prezydent Białegostoku był czynnym członkiem, a później sekretarzem Związku Miast Polskich z siedzibą w Warszawie. Dzięki tej funkcji uzyskiwał dotacje dla rozwoju Białegostoku.

5 września 1939 r. prezydent powołał Straż Obywatelską, która pomagała utrzymywać porządek w mieście, a po 11 września przejęła obowiązki policji. Prezydent pozostał w mieście wraz z jego mieszkańcami starając się uczynić ich codzienne życie mniej przykrym. W pierwszych dniach września rozkazał otworzyć magazyny żywnościowe i wydać ludności zapasy. Pomimo ostrzeżeń ze strony wycofujących się oddziałów niemieckich Nowakowski odmówił opuszczenia Białegostoku i pozostał na stanowisku do wejścia wojsk sowieckich. Aresztowany przez NKWD w październiku 1939 r. został osadzony w więzieniu w Białymstoku, a stąd wywieziony na wschód zaginął bez wieści.

Poszukiwany przez Ambasadę RP w Kujbyszewie nie został odnaleziony. Widziano go w Kotłasie, ale nie można obecnie ustalić ani daty pobytu, ani jego losów na terenie ZSRR.